La historia de la obra se da lugar en un mundo futurista en el que una organización paramilitar llamada NERV protege a la humanidad de los ataques de seres de origen y naturaleza desconocidos, los Ángeles, utilizando para ello bio mechas humanoides llamados Evangelion. A medida que avanza la trama, esta se vuelve paulatinamente más confusa y psicológica, en donde las personalidades de los personajes se hacen cada vez más inestables y su desarrollo se torna fundamental.
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Shinji Ikaries el Tercer Niño, el protagonista principal de la serie y piloto designado del Evangelion Unidad 01. Shinji es hijo de la bioingeniera Yui Ikari y del jefe de la organización NERV, Gendo Ikari. Después de la muerte de su madre, fue abandonado por su padre y vivió durante 11 años con su sensei, hasta que fue llamado a Tokio-3 para pilotar la Unidad-01 y enfrentar a los Ángeles.
Rei Ayanami la Primera Niña elegida por el Instituto Marduk, designada como piloto del Evangelion Unidad 00. Rei vive en una calle desolada de Tokio-3, en el solitario apartamento número 402. Este departamento demuestra que Rei lleva una vida monótona y aislada. Además, resulta ser una representación de la habitación subterránea en la que nació y se crió.
Asuka Langley Soryu es la segunda niña elegida por el Instituto Marduk, designada como piloto del Evangelion Unidad 02. Destacan de su aspecto su pelo rojo llameante, que recoge con sus Clips A10, y sus ojos azules, posiblemente provenientes de su herencia genética alemana. Su mejor amiga es su compañera y representante de clase, Hikari Horaki.
El Evangelion Unidad 01 es el primer modelo no-prototipo de Unidad Evangelion. La unidad fue creada como un arma para combatir a los Ángeles, y es pilotada por el Tercer Niño, Shinji Ikari. Al igual que el resto de los EVAs, la unidad fue creada como un arma para combatir a los Ángeles, y fue el primer Evangelion usado en un combate real contra uno de ellos. También es célebre por entrar en modo berserk y moverse sin ningún tipo de fuente de energía durante los combates, convirtiéndose en un arma sumamente peligrosa.
El Evangelion Unidad 02 es la tercera Unidad Evangelion completada, y el primer Modelo de Producción. La unidad fue creada como un arma para combatir a los Ángeles, y es pilotada por la segunda Niña, Asuka Langley.El diseño de la Unidad-02 corrige los errores cometidos durante la construcción de las anteriores unidades, por lo que es el primer Evangelion diseñado específicamente para el combate contra los Ángeles.
El Evangelion Unidad 00 es el Prototipo, el primer intento exitoso de crear una Unidad Evangelion. La unidad fue creada como un arma para combatir a los Ángeles, y es pilotada por la Primer Niña, Rei Ayanami.En esta unidad los científicos e ingenieros corrigieron muchos errores cometidos durante la construcción de los anteriores prototipos, los cuales habían resultado ser un total fracaso. Sin embargo, a pesar de ser claramente mejor, la Unidad-00 exhibe irregularidades durante sus pruebas de activación y entró en modo berserk en dos ocasiones. Durante ambos incidentes, se liberó de las restricciones e intentó matar al personal del cuarto de control.
